On tärkeää kohdistaa tutkimusta myös vähemmän tunnettuihin faageihin ja erityisesti niiden vuorovaikutukseen isäntäbakteerien kanssa.
Asian osoittaa Jyväskylän yliopistossa tarkastettava väitöskirja.
Uusi tieto faageista eli bakteereja infektoivista viruksista auttaa ymmärtämään virusten todellista monimuotoisuutta ja erityyppisten virusten rooleja mikrobitason vuorovaikutusverkostoissa.
Väitöskirjatutkija Kati Mäkelän kiinnostuksen kohteena on flavobakteereja infektoiva Finnlakevirus FLiP.
Flavobakteerit ovat hyvin yleisiä pohjoisissa järvissä, missä ne toimivat orgaanisen aineksen, esimerkiksi vuosittaisten leväkukintojen, hajottajina.
Ainutlaatuisia ominaisuuksia
FLiP-faagilla on yksijuosteinen DNA (ssDNA) -genomi. Sen rakenteesta puuttuu häntä, joka on tunnusomainen useimmille kaksijuosteisen DNA (dsDNA) -genomin omaaville faageille.
Lisäksi FLiP-faagin proteiinikuoren sisällä on lipidikalvo, toisin kuin tunnetuimmilla faagityypeillä.
Yksijuosteisia ssDNA-faageja on pidetty vähemmän merkittävänä, joten tutkimusmenetelmät on kehitetty pääosin dsDNA-faageille sopiviksi.
”Tietämyksemme ssDNA-faagien elinkierroista onkin perustunut vain muutamasta viruslajista kerättyyn tietoon”, Mäkelä kertoo.
Uudet menetelmät vievät tutkimusta eteenpäin
Mäkelä eristi väitöstutkimuksessaan Jyväsjärvestä uuden ssDNA-faagin ja kehitti FLiP:n kaltaisille faageille sopivia uusia tutkimusmenetelmiä.
Hän osoittaa väitöskirjassaan, että virusten rakenteelliset ja elinkiertoon liittyvät ominaisuudet eivät ole niin vahvasti sidoksissa genomityyppiin kuin aiemmin on oletettu.
Tämä johtuu siitä, että FLiP:llä on useita ominaisuuksia, joiden on uskottu esiintyvän vain dsDNA-faageilla.
Toisaalta FLiP-faagin isäntävuorovaikutuksissa on ominaisuuksia, joita ei ole todettu yhdelläkään muulla faagilla.
Kati Mäkelän väitöskirja Small but mighty: Exploring the dynamic host interactions of Finnlakevirus FLiP tarkastetaan Jyväskylän yliopistossa 21.3.2025.
Tilaa Kemiamedian uutiskirje!
Tilaajana saat sähköpostiisi kerran viikossa kiinnostavimmat uutiset ja tiedot alan tapahtumista ja työpaikoista. Osallistut samalla arvontaan!
