Turun yliopiston biotiedekeskuksen tutkijat ovat kehittäneet uuden laskennallisen menetelmän monimutkaisten soluaineistojen tulkitsemiseen.

Coralysis-niminen menetelmä auttaa tutkijoita tunnistamaan ja ryhmittelemään näytteiden solutyyppejä.

Uusi työkalu syntyi professori Laura Elon laskennallisen biolääketieteen tutkimusryhmässä.

”Yksisolumenetelmillä voimme tutkia solujen uskomatonta monimuotoisuutta, mutta solujen vertailu eri näytteiden välillä on hankalaa”, taustoittaa dosentti Sini Junttila, yksi tutkimuksen ohjaajista.

”Tämä motivoi meitä kehittämään menetelmän, jolla nämä piilevät ominaisuudet voidaan paljastaa luotettavasti.”

Työkalu on julkaistu Nucleic Acids Research -tiedelehdessä.

Tarkoitettu vapaaseen käyttöön

”Meitä inspiroivat palapelit”, kertoo Coralysis-työkalun pääkehittäjä, väitöskirjatutkija António Sousa.

”Niiden kokoaminen aloitetaan ryhmittelemällä palat esimerkiksi värin ja tummuusasteen mukaan ennen kuin katsomme palojen muotoja ja kuvioita. Vastaavasti algoritmimme yhdistää solut asteittain useiden määrittelykierrosten kautta.”

Avoimen lähdekoodin Coralysis-ohjelma perustuu koneoppimiseen. Se rakentaa malleja, joita voidaan käyttää näytteen solutyyppien ennustamiseen ja myös ennusteiden luotettavuuden arviointiin.

Tämä auttaa tutkijoita välttämään työlästä ja usein epäluotettavaa vaihetta, jossa solutyypit tunnistetaan manuaalisesti.

Menetelmän toinen ainutlaatuinen ominaisuus on sen kyky havaita solujen eri kehitysvaiheita, jotka muuten saattaisivat jäädä huomaamatta.

Tilaa Kemiamedian uutiskirje!

Tilaajana saat sähköpostiisi kerran viikossa kiinnostavimmat uutiset ja tiedot alan tapahtumista ja työpaikoista. Osallistut samalla arvontaan!

Lue lisää ja tee tilaus täällä.